应该是所在地区的工商所。因为你的占地，和经济发展都是在本地区，就应该注册在所在地，他只是归总店管，但是法律方面都要在本地。分店如果是个人的，所有权都是个人的，不是加盟或是合伙的，那么就要到总店和所在地都要注册。因为你在他们那里，他们要收税啊，就得注册。

根据《增值税一般纳税人申请认定办法》规定：一般纳税人总分支机构不在同一县（市）的，应分别向其机构所在地主管税务机关申请办理一般纳税人认定手续。纳税人总分支机构实行统一核算，其总机构为一般纳税人，分支机构可凭总机构为一般纳税人资格证明和其他认定资料到分支机构所在地主管国税机关申请办理一般纳税人认定手续。

纳税人总分机构统一核算的，其总机构已经是一般纳税人了，只要分支机构是商业企业以外的的其他企业，不论销售规模大小，均可以申请成为一般纳税人。

分公司可以申请办理一般纳税人。下面是所需资料：

1、 一般纳税人认定申请报告；

2、 《增值税一般纳税人申请认定表》（一式三份）；

3、 营业执照副本原件及复印件；

4、 税务登记证或注册税务登记证副本原件及复印件；

5、 验资报告原件及复印件；

6、 银行开户许可证、组织机构代码证的原件及复印件；

7、 法人代表（负责人）的身份证、户口本、户籍地公安机关出具的户籍证明的原件及复印件、两张一寸照片（近期免冠），特殊情况下还应提供经过公证的保证（由企业单位提供）；

8、 会计人员、发票管理员（办税人员）的会计证、身份证、会计电算化培训证书的原件及复印件及每人两张一寸照片（近期免冠）；会计任职证明（任职单位与申请单位必须一致）

9、 纳税人的成立以及经营活动相关的章程、租赁合同（办公用房、门面房、仓库、厂房）、协议书等资料，若租用房屋产权为个人的，还应提供产权证明等资料的原件及复印件；

10、 分支机构申请认定一般纳税人资格的，还应提供总机构所在地国税局批准其总机构为一般纳税人的证明（总机构的《增值税一般纳税人申请认定表》、年审表）、成立分支机构的批准文件和董事会决议等资料的原件及复印件；

11、 公司的购销合同原件及复印件；

12、 银行对账单或资金证明；

13、 财务制度；

14、 主管税务机关要求提供的其他证件。